مدرسه جاسوسی داستان پسر دوازده ساله‌ای است که به گفتن داستان‌های تخیلی و غلوآمیز شهرت دارد. او به طور اتفاقی نقشه ربودن دختر رئیس‌جمهور را می‌شنود. وقتی داستانش را علنی می‌کند، هیچ‌کس حرفش را باور نمی‌کند و او مجبور می‌شود به تنهایی برای نجات دختر اقدام کند.

یک روز در آتن، آریزونا، جایی که نوجوانان و جوانان بیست و چند ساله بدون هیچ هدف و برنامه‌ای زندگی خود را می‌گذرانند. جیمی بدهی‌های قمار دارد و فرصتی برای دزدیدن و فروختن مواد مخدر یک مرد مرده پیدا می‌کند. پسرعموی جسد به قضیه مشکوک می‌شود. جسیکا که مشغول پرستاری از بچه است، کارش را رها می‌کند تا کسی را پیدا کند که از او در برابر دوست‌پسرش که به خاطر گرفتن بیماری مقاربتی عصبانی است، دفاع کند. کوری مسئول خواهر نوجوانش است و او و دوستش پدرو از خانه اخراج شده‌اند، بنابراین نقشه می‌کشند تا ماشینی را بدزدند، آن را بفروشند و به آپارتمان خود بازگردند. هدر، یک تکنسین اورژانس، فکر می‌کند دوست‌پسر پلیسش به او خیانت می‌کند و این موضوع را با صمیمی‌ترین دوستش در میان می‌گذارد. شب‌هنگام مهمانی‌ای برگزار می‌شود که در آن همه این ماجراها به اوج خود می‌رسد.

در ارتفاع ۴۰ هزار پایی و در یک هواپیمای پیشرفته که کایل پرت خودش در طراحی آن نقش داشته است، دختر ۶ ساله‌اش جولیا بدون هیچ ردی ناپدید می‌شود. یا شاید هم نه؟ هیچ‌کس در هواپیما باور ندارد که جولیا اصلا سوار هواپیما شده باشد. اکنون کایل، ناامید و تنها، فقط می‌تواند به هوش و درایت خود تکیه کند تا این معما را حل کرده و دخترش را نجات دهد.